整備費や改修支援加算の申請を行う場合、助成金の適正な執行の観点から、入札を行っていただくか、または２社以上の見積書を取っていただく必要がありますが、入札を行う場合は、入札のために建築士が合理的に積算した予定価格調書の金額、２社以上の見積書の場合は、合理的に積算されたそれぞれの見積書を比較し、低い方の見積額の金額を算定の基礎額とします。整備費の場合は、その３/４の額と基準額を比較し、より低い方の額が助成額となります。
改修支援加算の場合は、その３/４の額と基準額を比較し、より低い方の額の１/１０を最大１０年間、運営費の助成金基準額に加えます（４１番記載のとおり、運営費の場合、助成金基準額より総事業費が少ない場合は総事業費金額を助成するため、必ずしも改修支援加算に係る助成額が助成されるとは限りません）。
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