企業主導型保育事業においては、利用者負担の設定について市町村が関与しない制度であることに鑑み、子ども・子育て支援新制度のような応能負担の形はとっておりません。利用者負担額の設定については実施要綱の別紙４に定める水準を基本として、事業主の判断において、独自に応能負担の仕組みを導入すること（例えば、会社役員の利用料を高めに設定し、新入社員の利用料を低めに設定するなど。）や地域の認可保育所の平均的な利用者負担額の水準と合わせて利用者負担額を設定することは可能となっています。
なお、保育の質の向上を図る上で特に必要と認められる対価（例えば、外部講師を招いて特別な教育を行うなど）やイベントを実施する場合の実費等について、別途徴収することも可能です。その際には、事前に利用する保護者に対して十分な説明を行い、文書による同意を得ておく必要があります。
※実施要綱第３．４（４）を参照ください。
